1990年代末期，地理位置相互貼近的桃竹苗地區以理工掛帥的三所國立大學－－清華大學、交通大學、中央大學－－因緣際會的擁有不少投入文化研究路數的學者，也在逐漸熱絡的日常聯繫互動中凝聚起共識合作的氛圍。2000年代台灣的高等教育也開始推動各種學術升級的實踐模式，例如鼓勵跨領域合作開拓新識界與新視角，或考慮將數個中型大學集結成為大學系統以便資源共享，倍增實力。在這些發展的可能性裡，這三所高校裡的文化研究學者順勢加快討論如何藉此機遇突破制度窠臼，促進具體的學術整合。
經過兩年的自主集結和縝密規劃，三校終於開辦了台灣第一個由各校人社學者跨領域集結形成的跨校碩士學分學程，不但跨越學校、學科的界限，更共同合作推動以文化研究為內涵和取向的教學、研究及學術活動。在行政結構上，交通大學首先於2003年成立台灣聯大文化研究學程辦公室，中央大學與清華大學亦於2004年分別成立學程辦公室，開始經營學分學程，不但在台灣聯合大學系統內吸引了70多位師資參與提供課程，也陸續吸引了一些主要來自人文領域的研究生加選學程，積極選修課程，最高時期曾在一學期內同時有16名研究生選讀。
遺憾的是，以研究生的身分加選學分學程，固然有擴大學術知識領域和視野的優勢，然而在體制上仍然受到正規修業年限的擠壓。能夠選修並在原有修業時限內完成畢業要求，對學生而言是個很大的挑戰，這也構成了學分學程發展的侷限。不過學分學程終究逐步發展出一個完整的跨校合作結構，使得學位學程能在這個基礎上發展成立，並於2010年開始正式招生，進一步堅實了台灣聯大亞際文化研究的合作團隊與教學框架。